健康证报销通常不应从工资里扣。从法律角度看，健康证是从事某些职业或行业的必要证件，其费用若由员工先行垫付，公司应根据相关规定予以报销。若从工资中扣除，可能违反劳动法及工资支付规定。若公司强制扣除，问题已较严重，应及时咨询律师或劳动监察部门。
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从法律角度，健康证报销的常见处理方式包括：公司直接支付、员工垫付后凭票报销、以及部分补贴加员工自付等。选择何种方式，应基于公司规定、劳动合同及双方协商。若公司规定明确，则按规执行；若规定模糊或双方有分歧，应通过协商或法律途径解决。
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从法律角度，健康证报销在不同情况下的处理方式如下：1. 若公司规章制度明确规定健康证费用由公司承担，则员工无需垫付，公司应直接办理或支付相关费用。2. 若公司规定员工需垫付后报销，员工应保留好所有相关票据，并在规定时间内向公司提交报销申请。公司应及时审核并支付报销款项。3. 若双方对费用承担有分歧，应通过友好协商解决。协商不成时，员工可申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自身合法权益。在此过程中，员工应保留好所有相关证据，如劳动合同、工资条、报销凭证等，以备不时之需。以上内容仅供参考，具体法律问题建议咨询专业律师。