个体工商户店长离职，入股资金一般不能撤。依据《中华人民共和国公司法》，股东出资后财产转化为公司财产，无权撤资，否则涉嫌抽逃出资。不及时处理可能引发法律纠纷，影响公司运营及股东信誉。
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处理入股资金撤资问题，常见方式有协商、减资或转让股权。应先尝试与公司协商，看是否能达成共识；若不行，可考虑通过减少注册资本或转让股权的方式撤资，但需遵循法律程序。
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店长离职入股资金撤资需谨慎。操作如下：1.尝试与公司协商，看是否能退还入股资金；2.若协商无果，且符合减资条件，可按法律程序减少注册资本撤资；3.也可考虑将股权转让给其他股东或外部投资者，完成资金退出。每步操作都需确保合法合规。