店员若知情并协助刷机，可能构成违法。依据《刑法》，盗窃数额较大可构成盗窃罪，店员协助将承担法律责任。不及时处理，可能导致罪犯逍遥法外，增加追回手机难度。
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处理方式有报警、起诉店员或协商。若店员参与，建议报警并起诉；若店员无辜，可尝试协商或仍选择报警处理。
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店员若参与则违法。操作如下：首先报警，提供手机被盗及店员协助刷机证据；其次，若警方不立案，可咨询律师考虑起诉店员；最后，若店员无辜，可与店方协商赔偿事宜。