您可以先与邻居协商，协商不成可寻求法律途径。依据《民法典》，您有权要求排除妨碍。若树木严重影响农作物，不及时处理可能导致收成大幅减少，甚至绝收，造成经济损失。
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常见处理方式有协商、仲裁和诉讼。应先尝试与邻居友好协商；协商不成时，可考虑向当地仲裁机构申请仲裁；若仲裁仍无法解决，可向人民法院提起诉讼。
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可协商、仲裁或诉讼。具体操作：1.协商时，明确表达树木对农作物的影响，提出合理要求；2.仲裁需准备相关证据，向仲裁机构提交申请；3.诉讼则需撰写诉状，收集证据，向法院提起诉讼，请求判决邻居排除妨碍。